Process FASTA files in addition to FASTQ files

• Bypasser le script 10 quand on a un fichier FASTA au lieu de FASTQ, et donner un flag « green » à cette souche qui aurait déjà un assembly.
• Bypasser l’essentiel du script 11 quand on a un FASTA au lieu de FASTQ, tout en générant le fake MLST file et en déplaçant le FASTA qu’on a déjà dans le dossier attendu pour les scripts suivants 12 et 13.