Skip to content
GitLab
  • Menu
Projects Groups Snippets
  • Help
    • Help
    • Support
    • Community forum
    • Submit feedback
    • Contribute to GitLab
  • Sign in
  • spsp-tools spsp-tools
  • Project information
    • Project information
    • Activity
    • Labels
    • Members
  • Repository
    • Repository
    • Files
    • Commits
    • Branches
    • Tags
    • Contributors
    • Graph
    • Compare
  • Issues 0
    • Issues 0
    • List
    • Boards
    • Service Desk
    • Milestones
  • Merge requests 0
    • Merge requests 0
  • CI/CD
    • CI/CD
    • Pipelines
    • Jobs
    • Schedules
  • Deployments
    • Deployments
    • Environments
    • Releases
  • Packages & Registries
    • Packages & Registries
    • Container Registry
  • Monitor
    • Monitor
    • Incidents
  • Analytics
    • Analytics
    • Value stream
    • CI/CD
    • Repository
  • Wiki
    • Wiki
  • Snippets
    • Snippets
  • Activity
  • Graph
  • Create a new issue
  • Jobs
  • Commits
  • Issue Boards
Collapse sidebar
  • SPSP
  • spsp-toolsspsp-tools
  • Issues
  • #3
Closed
Open
Created Jan 06, 2021 by aneves@anevesOwner

Process FASTA files in addition to FASTQ files

  • Bypasser le script 10 quand on a un fichier FASTA au lieu de FASTQ, et donner un flag « green » à cette souche qui aurait déjà un assembly.
  • Bypasser l’essentiel du script 11 quand on a un FASTA au lieu de FASTQ, tout en générant le fake MLST file et en déplaçant le FASTA qu’on a déjà dans le dossier attendu pour les scripts suivants 12 et 13.
Assignee
Assign to
Time tracking